幻魔歴３４２年、宇宙の片隅で誕生した幻魔は約１６６０年近くも宇宙を彷徨っていた。そして惑星を見つけるとその惑星にすむ生命を全て喰らいつくし、次なる星へと旅立っていく。
そんな幻魔が降り立った青く、神秘的な星"リトル・プラネット"は予想以上の強敵が待ちかまえていた。
法術に似た原理で自分の中の潜在能力を引き出す力[超能力]に幻魔は苦戦した、それもまだ２０に見たいない１人の女性に対してだ。
幻魔は焦り始める、もしかしたら自分が負けてしまうのではないかという恐怖と戦いながらその少女の命を奪った。
だが次の瞬間幻魔のカラダははじけ飛んだ、それと同時にその惑星[リトル・プラネット]も一緒に。
これが後の人類に語り継がれる事の無かった最初の戦い[第一次幻魔大戦]
リトル・プラネットを脱出していた僅かな人類達はリトル・プラネットによく似た惑星を発見し、そこに移住する事になった。
そしてこの時同時と言っても良いだろう、爆発した幻魔のカケラが人類達が新しく移住すると決めた惑星に落下してきた。そのカケラは大きな樹へと変貌する。これが幻魔樹である。
そして人類は生活を始める、文明の力に頼らず、原始時代同様の生活を始めた。何世帯にも及ぶ争いや略奪などは見られなかった。
そして１０００年の時が流れ、文明と同じ領域にまで発達した彼等はとあるProjectを結成する。そのProjectは、１０００年前に最初に移住してきたとされている選居人(せんいじん)の子孫である人間を媒体にして行われた。
Project名：カナリア
中央大陸北東部の小さな村にある晩突然何かが降ってきた、村中はその降ってきた物を一目見ようと落下した森へと入っていき、そこで我が目を疑う物を見た。
それから７年半が過ぎた頃、その村の村長の息子が７歳半になる頃に事件は起こった。
とある商人がその町にたどり着き、商売用品を取るために鉱山へと向かったその晩、帝国兵が村に襲いかかった。
村長の親友がその村にたどり着いたとき、村は全滅し、全員が死亡したと思われた中１人の少年が気を失って倒れているのを発見した。
その親友は少年を我が家に連れて帰り解放し、この世界で生きていける伝を伝授した。
それから５年、その少年はこの星の運命を決める戦いに旅立つ…｡
レイ・Ｆ・カルバレイセスの活躍により、この世から幻魔たる存在は消え去った。歴史上にその名を刻み込んだ人間と幻魔との戦い"第二次幻魔大戦"がそれだ。
幻魔は消滅した、そしてレイ・Ｆ・カルバレイセスもこの世からその姿を消した。残されたのは霊剣：ゼロと残された者達への悲しみだけ。彼は、淡い夏影として消え去った。
それから１６年、FOS軍は健在していた。
リーダーを失った機関、だがそれは次なる首謀者によって再度立て直される、彼女の名は"ミト・M・カルバレイセス"。レイ・Ｆ・カルバレイセスのフィアンセである。そして２人の間に生まれた幼い少女の顔には、かつてリーダーであった青年と同じ瞳をしていた。
偶然と必然を重ね合わせた未来、残された霊剣を手に娘は旅立つ。父親の本当の最後と、父親の親友の失踪を調査するために。
だが、彼女はこの星が背負った運命を背負う事になろうとは、この時点で知るものは誰も居なかった。その運命が父親の意志と知るまでは…｡
幻魔大戦より３０００年後の世界、文明は急成長を遂げリトルプラネットと同じ科学力まで成長した。
リトルプラネットを今でも夢見ている人々達は自分たちを管理者と名乗り、歴史を裏で操ってきた。
管理者はいくつもの失敗を繰り返し、そして悲しみと試練を乗り越えてこそ成し遂げたものがある。それが今の地球−セカンドプラネット−の姿である。
セカンドプラネットに存在する一つの島国、日本で事件は起きた。それは管理者ですら予測出来なかった出来事でも有った、そもそも幻魔という存在すら予想だにしなかった出来事でもある。
収集が付かなくなった管理者は自らを壊滅への道へと進み始め、そしてその存在が無くなった頃。この星は二度目の夢を見る。
